Question : Comment choisir entre Auto-entreprise et Micro-entreprise ?

Là, il n'y a pas de choix.
Ce sont deux choses très différentes.

Auparavant, il y avait un seul statut juridique pour entreprendre en individuel  (hors société).
Il fallait s'inscrire au registre du commerce (RCS) ou au répertoire des métiers(RM)
ou seulement se déclarer à l'Urssaf pour les non commerçants et non artisans.
Ce statut continue d'exister. La déclaration est à faire au Centre de Formalité des Entreprises (CFE) qui transmet aux organismes concernés.
Il y a à payer les frais d'inscription au RCS ou au RM (l'urssaf ne facture pas de frais à ma connaissance)

Maintenant, il y a, en plus,  un statut simplifié - l'auto-entrepreneur - :
une seule déclaration est à faire au CFE qui n'entraine pas l'inscription au RCS ou au RM.
C'est là une première simplification et une économie.

Dans le régime normal d'une entreprise immatriculée au RCS ou au RM,
on peut choisir un régime fiscal :
- régime réel,
ou  - régime simplifié,
ou  - micro-entreprise
Eh oui, 'micro-entreprise' est la dénomination d'un régime fiscal !
Et il peut s'appliquer à une entreprise inscrite au RCS.

Dans le régime l'auto-entrepreneur il n'y a pas le choix :
c'est le régime fiscal appelé 'micro-entreprise' qui s'applique d'office !!